La esencia misma del Estado de la Ciudad del Vaticano se fundamenta en la doctrina y en la legislación de la Iglesia Católica, de manera que el Papa es a la vez Cabeza Suprema de la Iglesia y Jefe del Estado del Vaticano. El Vaticano es el único estado europeo en tener una Monarquía electiva teocrática, y es posiblemente la última Monarquía absolutista que queda en el mundo.
La elección del Papa corresponde al Sacro Colegio Cardenalicio (institución no electa, cuyos miembros son designados por el propio Sumo Pontífice), reunidos en Cónclave, lo cual actualmente se hace según las disposiciones de la Constitución Apostólica Universi Dominici gregis, promulgada por Juan Pablo II el 22 de febrero de 1996. Esta Constitución Apostólica restringe el método de elección, eliminando las antiguas formas de Aclamación y de Compromiso, y dejando sólo la elección por Escrutinio.
El elegido se convierte en Papa en cuanto manifiesta su aceptación, siempre que se trate de una persona que tuviera ya el carácter de Obispo. En caso contrario, el elegido debe ser ordenado Obispo inmediatamente. En cualquiera de los dos casos, el Papa electo adquiere desde el mismo momento de su aceptación, y ordenación en su caso, la plena y suprema potestad en la Iglesia Católica y en el Estado de la Ciudad del Vaticano.
Los órganos de gobierno del Estado de la Ciudad del Vaticano no forman parte de la Curia Romana (Cfr. Art.1 de la Constitución Apostólica Pastor Bonus), sino que tiene un ordenamiento jurídico específico. El segundo al mando del gobierno del Vaticano, después del Papa, es el Secretario de Estado, actualmente el cardenal Tarcisio Bertone.
La Ley Fundamental del Estado de la Ciudad del Vaticano constituye la norma constitucional más importante; como elemento reseñable, se puede señalar que esta ley no contempla la tradicional división de poderes clásica en occidente; se prevé la distinción de funciones, es decir, el Papa no ejercita estas funciones de forma directa en la mayoría de los casos (de facto, la potestad judicial nunca la ejercita personalmente) sino que se constituyen diversos órganos vicarios que administran el gobierno de este Estado, cada una de los cuales ejercita una de las clásicas funciones (Ejecutivo, Legislativo y Judicial).
Los idiomas oficiales son el latín y el italiano. La moneda, según un acuerdo suscrito con la Unión Europea (UE), es el euro.
El Estado de la Ciudad del Vaticano no mantiene relaciones diplomáticas directas con la Organización de las Naciones Unidas, en cuanto que la Santa Sede es ya observador permanente en la misma.