Una iglesia papal y sepulcral en la Colina del Infierno

Muerto San Francisco, su vicario fray Elías y las autoridades de Asís buscaban un lugar adecuado para la sepultura definitiva: Mientras tanto, el cardenal Hugolino, protector de la Orden franciscana durante diez años e íntimo amigo del santo, elegido papa en marzo de 1227 con el nombre de Gregorio IX, ya pensaba en su canonización. En marzo del año siguiente fray Elías recibía, en nombre de la Iglesia, la donación de un terreno situado en el extremo oriental de la ciudad, en la "Colina del Infierno", para la construcción de una iglesia u oratorio o cualquier otra utilidad. Poco después el papa llegaba a Asís y nombraba una comisión de cardenales entre los más escépticos respecto a los estigmas, para iniciar el proceso de canonización de San Francisco, la cual se celebró con toda solemnidad el 16 de julio de 1228, en la explanada delante de la iglesia de San Jorge (actual Plaza de Santa Clara, donde el santo había sido sepultado provisionalmente menos de dos años antes.

Al día siguiente el papa, acompañado de una multitud de personas de toda edad y condición, se trasladó solemnemente hasta la Colina del Infierno, para colocar allí la primera piedra de una iglesia que él quería "especial". El lugar reunía excelentes condiciones por su cercanía a la ciudad, porque dominaba todo el valle de Espoleto y porque en la vertiente norte había un bosque, que aún existe, ideal para que los frailes que allí habitasen se encontraran como en un eremitorio. El nombre, sin embargo, hacía honor a su utilización hasta este momento, pues era el lugar de las ejecuciones públicas, donde ahorcaban y sepultaban a los malhechores condenados a muerte. Parece ser que el mismo Francisco, que quería asemejarse en todo a Cristo pobre y crucificado, había expresado su deseo de ser enterrado en este "calvario" asisano.

Tras rebautizar el lugar como "Colina del Paraíso" el papa Gregorio IX nombró a fray Elías responsable de la realización del proyecto de la iglesia y de un anejo palacio o residencia papal, en cuyo semisótano vivirían los frailes, sin otra cosa que un dormitorio común, el refectorio y la cocina. El llamado "convento de fray Elías", conservado casi intacto, aún hoy, después de casi ocho siglos, nos habla de la humildad, pobreza y austeridad de los comienzos del franciscanismo.

El arquitecto de la Basílica fue, según se dice, "Jacopo tedesco", o sea un alemán, y no es de extrañar, pues los italianos desconocían aún el nuevo estilo gótico que ya se estaba imponiendo en el resto de Europa y que fue aplicado en la nueva iglesia. El proyecto consistía en la iglesia principal (basílica superior) y una cripta sepulcral para el santo, tan grande que nunca la llamaron cripta, sino "iglesia inferior".